O curso cecundário é constituído por um ciclo de dois anos. Para serem admitidos no curso secundário (correspondente ao Nível 5, e 7o ano de frequência em conservatório), os alunos deverão ser detentores do curso básico de música ou realizarem uma prova de admissão com nível de conhecimentos equivalente.

A conclusão do curso secundário de música faz-se através de Prova de Aptidão Artística, que consiste num projecto autónomo dos alunos, e que só pode ser realizada após a conclusão de todas as disciplinas do plano curricular, conferindo a obtenção de certificado e diploma de nível 3. A admissão ao curso secundário de música é facultada aos alunos com a idade entre os 15 e 17 anos.